قضت المحكمة العسكرية العليا بعدم اختصاص القضاء العسكرى فى عدة قضايا، المتهم فيها 24 متهما، كما قضت ببراءة 40 متهماً آخرين فى عدة قضايا، منهم باقى المتهمين فى أحداث الاعتداء على وزارة الداخلية ورقمها 699 /2011 جنايات عسكرية شرق القاهرة و700/2011 و704 /2011 و701/2011، وهى القضايا التى صاحبت التعدى على مسرح البالون، التى كان قد سبق وأفرج عن الناشط لؤى نجاتى فى نفس الأحداث.
يذكر أن الرسالة 68 من المجلس الأعلى للقوات المسلحة قد أكدت على اقتصار المحاكمات العسكرية على حالات محددةوهى:
1-جرائم البلطجة وترويع المواطنين المصحوبة باستخدام أسلحة نارية أوبيضاء.
2-جرائم الاغتصاب.
3-جرائم الاعتداء على رجال الأمن وأفراد الشرطة.
وبالتالى فقضايا المخدرات والسرقة والتعدى على أراضى الدولة والغير تخرج من اختصاص القضاء العسكرى وتحول جميعها إلى النيابة العامة.