معظم المطاعيم يمكن اعطاؤها بدون اعراض جانبية ذات أهمية. و لكن هناك بعض الاعراض الجانبية الخطيرة التي قد تنجم عن إعطاء المطاعيم و مع أنها نادرة الحدوث إلا أنه يجب الإلمام بها لمعالجتها عند حدوثها كما أنه من المهم شرح الأعراض الجانبية للآباء لإن ذلك يخفف كثيرا من التوتر و القلق الذي قد يعانيه بعضهم .
حيث أنه لا يوجد مطعوم ذو فعالية كاملة فإن بعض الأشخاص يمكن أن يصابوا بالمرض رغم كونهم مطعمين ضد هذا المرض و لكن هذا هو الأستثناء و ليست القاعدة. مكونات المطعوم قد تؤدي إلى تفاعلات تحسسية عند بعض الأشخاص و هذه قد تتراوح بين موضعية ( مكان اعطاء المطعوم ) ، إلى عامة و شديدة و لكن هناك بعض الأمراض التي قد يتصادف حدوثها مع إعطاء المطعوم و ليس لها علاقة به، لذا فإنه من المهم الإلمام بالأعراض الجانبية لمختلف المطاعيم لمعرفة موانع و تحذيرات إعطاءها. حيث أنه يجب إعطاء المطعوم إذا كانت الفائدة من اعطاؤه أكثر من عدم اعطاؤه.
1- معظم المطاعيم يمكن أن يصاحبها أعراض موضعية مثل احمرار و انتفاخ مكان اعطاء المطعوم و هذا غالبا ما يعالج بوضع كمادات دافئة على موضع إعطاء المطعوم للمساعدة على امتصاص المطعوم.
2- ارتفاع في الحرارة و يحدث غالبا في الأيام الثلاثة الأولى بعد اعطاء المطعوم و غالبا ما يكون ارتفاع طفيف ، باستثناء مطعوم الحصبة أو الحصبة الألمانية و النكاف، حيث تحدث الحرارة متأخرة بعد اسبوع الى عشرة أيام.
3- أحيانا يمكن حدوث بعض الدمامل في مكان اعطاء المطعوم، و هذه الدمامل لا تكون بسبب حدوث التهاب بكتيري و لكن بسبب تفاعل شديد لمكونات المطعوم.