أنشئ المركز الإسلامى فى لندن عام 1944 عقب تخصيص الحكومة البريطانية قطعة أرض لإنشائه على إثر مساعى سفير مصر لدى لندن فى ذلك الوقت/حسن باشا نشأت، وذلك مقابل تخصيص مصر أرضا فى القاهرة للكنيسة الأنجليكانية (كنيسة انجلترا). وبذلك تعد مصر المؤسس الرئيسي للمركز. وقد تم اختيار السفير المصرى/ عبد الفتاح باشا عمرو ليكون أول مدير مجلس إدارة للمركز والذي أصبح فيما بعد أكبر وأهم مؤسسة إسلامية في أوروبا.
وفى الوقت الراهن، تقوم مصر بإيفاد نائب لمدير المركز (فضيلة الشيخ محمد فتح الله والذي تولي مهام المنصب إعتباراً من 10 فبراير 2007). كما يستمر الأزهر الشريف ووزارة الأوقاف المصرية فى إيفاد الأئمة والدعاة إلى المركز، والذين يقومون بنشاطهم البارز والمعروف فى الدعوة إلى الإسلام السمح وفى الذود عن حقيقته وصورته فى وجه الحملات الموجهة إليه، سواء من بعض الجهات فى الغرب أو من المسلمين ذوى التوجهات المتشددة؛ كما يقومون بتقديم الفتاوى الدينية والإشراف على إجراء وتوثيق المعاملات وفقا للشريعة الإسلامية.