عرفت السجون فى العصر الإسلامي إذ تكلم عنها المؤرخون فى مصادرهم وكان أشهر السجون التى عرفت فى العصر الإسلامي سجن حبس الرحبة وكان ينسب إلى رحبة باب العيد لأنه كان قائما فى خط تلك الرحبة، وكان قصر الأميرة تتر الحجازية يقع بهذا الخط بجوار المدرسة الحجازية وبعد وفاة الأميرة تتر ابنة الناصر محمد بن قلاوون حوله الأمير جمال الدين يوسف الأستادار إلى سجنا ثم تحول إلى سجنا عاما لأرباب الجرائم عام 820هـ ومكانه الآن قسم شرطة الجمالية وإدارة دمغ المصوغات والموازين ، كما كان من السجون أيضا الشهيرة خزانة شمائل نسبة إلى الأمير علم الدين شمائل وكان سجنا قبيحا سجن فيه المؤيد شيخ الذى نذر أن أتاه الله الملك أن يهدم هذا السجن ويبنى مكانه جامعا بجوار باب زويلة.
ولقد كان سلاطين تعصرين الأيوبى والمملوكى يستخدمون بعض دهاليز القلعة وأبراجها كسجن ضد أرباب الجرائم من الخارجين على القانون والمتمردين على السلطة وقد كانت هذه السجون قائمة منذ الاحتلال الإنجليزي عام 1882م حيث بنى الإنجليز الزنزانات الحالية الموجودة بسجن القلعة فى أواخر القرن التاسع عشر الميلادى وظلت مستخدمة فى القضايا السياسية حتى صدر قرار من السيد وزير الداخلية الأسبق أحمد رشدى بإلغائها وتحويلها إلى متحف وضعت به التماثيل التى تصور العصور المختلفة بأزيائها.هذا ويشتمل المتحف على بيت للهدايا وكافيتريا صغيرة ملحقة به.