وقال مصطفى أمين في موضوع اعتقاله انه كان يلتقي بالعملاء الأمريكيين بتعليمات من الرئيس واعوانه ليجمع ما لدى الأمريكيين من أفكار، وبالمقابل يسلمهم حكايات معينة وقصص أحداثها محددة سلفاً بعضها حقيقية وأغلبها ملفقة ليوهمهم بأنه مطلع على الأحداث وهو في الواقع لا يعلم عنها شيئاً، ثم أنه كان مكلفاً من قبل الرئيس عبدالناصر بالاتصال بعدد من الدبلوماسيين الأمريكيين كما -كان هيكل أيضاً- للحصول على آرائهم وأفكارهم فيما يجري في الشرق الأوسط ليتمكن من الوصول إلى استنتاجات مفيدة له أي للرئيس تساعده على تخطيط سياساته.
توفى مصطفى أمين في 13 إبريل 1997، بعد حياة حافلة، ليلحق بتوأمه والذي توفى عام 1976، وقد كان له هو وشقيقه "علي" العديد من النشاطات الخيرية والاجتماعية، فنفذ الشقيقان أمين مشروعاً خيرياً أطلقا عليه "ليلة القدر"، كما كانا صاحبا الفضل في ابتكار فكرة عيد الأم وعيد الأب وعيد الحب. بدأ مشروع "ليلة القدر" في 15 فبراير 1954 بمقال نشره مصطفى أمين في أخبار اليوم جاء فيه " في قلب كل إنسان أمنية صغيرة تطارده في حياته وهو يهرب منها إما لسخافتها أو لارتفاع تكاليفها، فما هي أمنيتك المكبوتة؟، أكتب لي ما هي أمنيتك وسأحاول أن أحققها لك، سأحاول أن أدلك على أقصر الطرق لتحقيقها بشرط ألا تطلب مني تذكرة ذهاب وإياب إلى القمر". وقد حقق هذا المشروع الكثير من النجاح حيث انهالت على الجريدة العديد من الخطابات، وتم تلبية طلبات العديد من أصحاب الاحتياجات، وتوسع هذا المشروع بعد ذلك وتفرعت أنشطته. مقتطفات من حياته جمعت صداقة قوية بين كل من مصطفى أمين والفنان عبد الحليم حافظ، حيث كان الأخير ينظر له نظرة الأب والأستاذ، ويستشيره في كل شيء سواء في أغانيه أو في حياته الشخصية، وكان عبد الحليم مناصر قوي لأمين أثناء فترة اعتقاله فكان يؤكد دائماً على براءته، وبذل الكثير من الجهد من أجل الحصول على تصريح لزياراته في السجن. تزوج مصطفى وأنجب أبنتين هما رتيبة والتي أسماها على أسم والدته، وصفية وأسمها على أسم السيدة صفية زغلول، والتي كان يعتبرها بمثابة الأم الثانية له حيث نشأ وترعرع هو وشقيقه في منزلها وفي ظل رعايتها لهما، وقد عملت صفية بالصحافة أسوة بوالدها. كانت فكرة الأخوين أمين في إنشاء "أخبار اليوم" أن تكون الكتابات موجهة إلى الناس تتناول مشاكلهم وأفراحهم وأحزانهم، وكل ما يتعلق بحياتهم، حيث أن الصحف التي كانت موجودة في هذه الفترة وعلى رأسها الأهرام كانت تركز على الأخبار السياسية وأخبار السلطة، وبسبب قرب جريدة أخبار اليوم من الناس فقد حققت أنتشاراً هائلاً. في سجنه كان مصطفى أمين يكتب إلى أبنته صفية العديد من الرسائل وعلى الرغم من القسوة والمعاناة التي كان يعانيها في سجنه إلا أن رسائله كانت مفعمة بالتفاؤل، فحينما رفضت إدارة السجن مده بالأدوية أو نقله للمستشفى للعلاج، كتب لابنته قائلاً إن حالته المعنوية عالية وأنه كلما توالت عليه الضربات يكون في أحسن حالاته، وأن الأزمات والمحن تجدد شبابه. وقد قامت ابنتيه رتيبة وصفية بزيارة إلى السيدة جيهان السادات مع السيدة أم كلثوم أملاً في التوسط من اجل الإفراج عن والداهما وذلك عام 1972، ولكنهم لم يوفقوا في الإفراج عنه فوراً، ولكن قام السادات بإصدار قرار العفو عنه بعد هذه الزيارة بثلاث سنوات وبعد نصر أكتوبر.