وصفت جماعة الإخوان المسلمين المجلس الاستشاري بأنه محاولة لإحياء وثيقة الدكتور علي السلمي نائب رئيس الوزراء السابق,
ولذلك رفضت الجماعة المشاركة فيه لأنها لن تقبل بأي حال من الأحوال الالتفاف حول الدستور. وأوضح الدكتور محمود حسين الأمين العام للإخوان وعضو مكتب الإرشاد أنه ليس من حق المجلس الاستشاري أو المجلس العسكري فرض وصاية علي الجمعية المعنية بصياغة الدستور أو وضع معايير لاختيار أعضائها لأن هذا من حق البرلمان المنتخب الذي سيختاره الشعب, مشيرا إلي أن تصريحات اللواء مختار الملا عضو المجلس العسكري أكدت أن المجلس الاستشاري سيكون له دور في تشكيل الجمعية التأسيسية المخولة لها صياغة الدستور. وقال حسين ــ لـ الاهرام ــ إن اختصاصات العسكري حاليا هي التشريع والإدارة, وسينتهي التشريع بمجرد انتخاب برلمان جديد, وإن الاستشاري فكرة جيدة إذا التزم بدوره الاستشاري للمجلس العسكري وليس التدخل في أمور صياغة الدستور أو صلاحيات البرلمان, مؤكدا أن الإخوان عندما رفضت المشاركة في المجلس الاستشاري لم تتخذ القرار هباء لكنها لمست شواهد توحي بتدخل المجلس في أعمال جمعية الدستور, وهو ما أكدته تصريحات الملا. من ناحية أخري, وصف حسين لقاء جون كيري رئيس لجنة العلاقات الخارجية بمجلس الشيوخ الأمريكي بقيادات حزب الحرية والعدالة ـــ المنبثق من الإخوان ــ بأنه شيء طبيعي لأن كل الحكومات والدول تهتم بالتفاعلات التي تحدث في مصر.